Das denkmalgeschützte Gebäude erhielt um 1590 im Wesentlichen seine Gestalt - die Bausubstanz kann bis in die Romantik zurückverfolgt werden. Gelegen im siedlungsgeschichtlichen Ursprung Deggendorfs (Urfahr), war es schon im Hochmittelalter Verkehrsknotenpunkt für die Schifffahrt. Von 1643 bis 1851 waren hier wohlhabende Schiffmeister ansässig, die in den Speicherräumen Salz und Getreide lagerten.
Seit Juli 2008 - nach aufwändiger Restauration - dient das Schiffmeisterhaus als öffentliches Informations-, Ausstellungs- und Veranstaltungszentrum. Hier findet man neben der geschichtlichen Entwicklung des Hauses auch fachbezogene Ausstellungen (zur Zeit - Lebensader Donau) mit Informationen zum Ausbau der Bundeswasserstraße Donau und Verbesserung des Hochwasserschutzes im Bereich Straubing bis Vilshofen. Das Dachgeschoss mit dem historischen Dachstuhl steht für kulturelle und umweltspezifische Veranstaltungen zur Verfügung.