Zeichen einer Besiedlung gehen auf die Zeit vor 950 zurück, erstmals urkundlich erwähnt wurde das Gebiet um Winzer aber erst 1005.
Damals gehörte das Gebiet dem bayerischen Herzog, der es um 1009 dem Bischof vom Bamberg schenkte. Der Verwalter, von Bischöfen eingesetzt, erbaute Mitte des 11. Jhs. zum Schutz des Gebietes die Burg Winzer und nannte sich „Winzerer“. Die Winzerer, ab 1230 adelige Ritter, starben im Jahre 1324 aus. Die Geschlechter der Puchberger und Schwarzenberger folgten…
Der österreichische Erbfolgekrieg brachte der stolzen Burg schließlich das Ende: Ungarische Husaren unter der Führung des Pandurenführers Freiherr von der Trenck sprengten die Burg am 1. November 1744 in die Luft. Zu Beginn des 19. Jh. wurden Reste der Burg als Steinbruch für die alte Donaubrücke in Vilshofen genutzt, bis König Ludwig I. im Jahr 1825 der weiteren Zerstörung Einhalt gebot.