Nahe einem historischen Donauübergang entstand im frühen beziehungsweise älteren Mittelalter eine Siedlung, die sich im Besitz des Regensburger Frauenstifts Niedermünster befand. In einer 1002 für dieses Stift ausgestellten Urkunde wird Deggendorf erstmals erwähnt. Für die Kirche sind zunächst mehrere romanische Bauphasen belegt, deren letzte um 1250 anzusetzen ist. Zu dieser Zeit erfolgte die Gründung der Stadt Deggendorf, wobei sich die Pfarrkirche auch in den folgenden Jahrhunderten außerhalb der Stadtmauern befand. In der Spätgotik erfolgten die Umgestaltungen des Turms und die Errichtung des Chors. In der Mitte des 17. Jahrhunderts wurden das spätromantische Langhaus durch einen frühbarocken Neubau ersetzt sowie die Obergeschosse des Turms verändert. 1743 kam es während des österreichischen Erbfolgekrieges zu Kampfhandlungen, wodurch ein Brand ausbrach. Dieser beschädigte das Gotteshaus schwer, sodass unter anderem das Gewölbe des Langhauses einstürzte. Dieses wurde nach dem Krieg neu errichtet. Unter anderem der Stuck und die Fresken stammen aus dieser Zeit. Was die Ausstattung betrifft, ist der Hochaltar von besondere Bedeutung. Er wurde um 1750 aus Marmor für den Eichstätter Dom gefertigt und im späten 19. Jahrhundert unter Stadtpfarrer Joseph Conrad Pfahler erworben. Dieser gab auch die Verlängerung der Kirche nach Westen und die Errichtung der entsprechenden Vorhalle in Auftrag.