Die um 1200 unter den Grafen von Bogen erbaute romanische Basilika befand sich im damaligen Ort Plattling. Der Taufstein stammt aus dieser Zeit. Im frühen 14. Jahrhundert wurde Plattling zum Markt erhoben und 1379 zum Schutz vor den Isarhochwassern an die Stelle des heutigen Stadtkerns verlegt. Sankt Jakob blieb Pfarrkirche und erhielt im 15. Jahrhundert unter anderem einen spätgotischen Chor sowie den heutigen Eingang. Die Fresken im Chor stammen aus dem 17. Jahrhundert. In der Barockzeit wurden tiefgreifende Veränderungen durchgeführt: So versah man den Turm mit einer Zwiebelhaube, zog im Langhaus ein Gewölbe ein, vergrößerte die dort angebrachten Fenster und passte die Ausstattung dem Zeitgeschmack an. Im 19. Jahrhundert erfolgte die Purifizierung der Kirche. Den Turm bekrönt seitdem ein Spitzhelm, die eben genannten Fenster wurden verkleinert, das Langhaus mit einer Holzdecke versehen sowie die Ausstatttung im Sinne der damaligen Mittelalterbegeisterung ausgetauscht: Man erwarb spätgotische Kunstwerke wie einen Flügelaltar und ließ einige Elemente im Stil der Neogotik anfertigen. Erst seit 1931 ist St. Jakob nicht mehr Pfarr-, sondern eine Friedhofskirche.