Das Museum zeigt neben einer Vielzahl an Exponaten die Vita des Heiligen.
Auf dem Grundstück der ehemaligen Flussmeisterstelle Plattling baute der Sankt Johann Nepomukverein Plattling e.V. zu Ehren des 2. Landespatrons Bayerns Sankt Johann Nepomuk – dem Brücken- und Wasserheiligen – das Museum „Sankt Johann Nepomuk“.
In einem weiteren Museumsbau ist die Stadt- und Vereinsgeschichte dargestellt.